京都篇
志志雄在幕末时代就是一个同剑心齐名的刽子手，人称“千人斩”。但维新政府建立后，这位昔日的维新志士因为知道太多政府内部的黑幕而被抛弃，甚至遭到烈火焚身，不料他命不该绝，反而在火光中悟出剑术的最高境界，留下无穷后患。逃过这场劫难后，他四处网罗许多对社会现实和对维新政府不满的人，组成最强的部下十本刀，并以贩卖军火、鸦片作为资金的来源，疯狂扩张势力，准备发动政变。他对维新政府落井下石的做法恨之入骨，因此在他的势力范围内，到处是生灵涂炭的景象。志志雄的所作所为惊动了政府，秘密警察负责人斋藤一决定要除去这个祸患。斋藤一是前新撰组第三队队长，为维新政府的建立立下汗马功劳，他当然知道单枪匹马不是志志雄的对手，于是他想到了剑心和他的那帮朋友。此时，志志雄已经开始行动，暗杀了几位政府高官，斋藤一立即起程去找剑心，并将佐之助打成重伤，以警告剑心。剑心一开始并不同意，他觉得与志志雄交手必然会造成更多无辜的死伤，斋藤一拔剑与他交
手，两人过去的交手都未分出胜负，为了迫使剑心同意与他合作，斋藤一招招致命，剑心不得不最后一次变回刽子手拔刀斋，杀气逼人并击伤了斋藤一，剑心见他舍命来劝自己，决定跟他去找志志雄决战，但前提是只能由他们两个人来解决问题而不能伤害其他的无辜者。随后，剑心在一个萤火虫漫天飞舞的美丽夜晚向阿薰告别，自己此次前去决战，前途凶险异常，恐怕……阿薰泪流满面，依依不舍地靠在剑心身边。最终，剑心说了声：“再见。”便消失在夜幕中。阿薰彻夜不眠，但最后还是决定和神谷道场的其他人一起去东京找剑心。
在去东京的路上，剑心在密林歇息时，竟然遭到女山贼的打劫，只几下工夫，女山贼就被摆平了，原来她叫卷町操，自称是前宫廷间谍的成员，首领四乃森苍紫从小抚养她，对她的关怀无微不至，因此她暗恋苍紫。后来苍紫将她交给一位叫翁伯的老大爷收养，她此行去东京就是去找爷爷和苍紫（半路想顺便捞一笔）剑心知道苍紫的手下都是因为他而死的，因此不敢对阿操说明真相，他认为让阿操跟着自己去东京无异于送羊如虎口，于是想办法抛开她，不料被她打过劫的所谓“好人”们集结乌合之众来找她寻仇。路见不平，自然要拔刀相助，剑心于是迅速帮阿操平息事态，两人便一起来到东京。
苍紫也来到了东京，他对剑心依然怀恨在心，得知志志雄势力庞大，便去投靠他，想借机打败剑心，取得天下最强的称号。志志雄见有高手加盟，乐不可支。
剑心送阿操去她爷爷家后，便去找斋藤一，斋藤一已得知志志雄已在某座城市安放大量炸药，并准备放火烧城，作为对维新政府的报复前奏。但具体是哪一座城市并不清楚。此时，阿薰等人也来到了东京，剑心既高兴，又担心。
凭借同为杀手的直觉和根据志志雄过去的遭遇，剑心分析了志志雄的心态，认定他将会在江户城放火。因为那里曾经发生过非常著名的历史事件，而当时维新派正是通过放火烧城而大获全胜，志志雄想以其人之道还治其人之身。于是，众人齐心合力挫败了志志雄的阴谋。志志雄恼羞成怒，竟然派出巨型炮舰“炼狱丸”要彻底埋葬剑心。 关键时刻， 经过几次迷路，并在途中跟随一位和尚学会威力无穷的“二重技击拳”的佐之助施展绝技并抛出临走前阿黑（旧时好友）交给他的数枚高能炸弹，将“炼狱丸”一举炸沉。志志雄怒不可遏，认定他们才是他称霸日本的最大障碍，决定要和剑心，斋藤一决斗以泄心头之恨。
决战前夕，剑心、斋藤一曾与志志雄谈判，但双方观点相去甚远，谈判随即破裂，志志雄派出牛高马大的手下尖阁作为见面礼给剑心，剑心巧妙利用尖阁笨重的特点使他在过度奔跑中骨折，不战而屈人之兵。随后，志志雄手下第一高手——宗次郎与剑心交手，剑心的逆刃刀竟然被打断。连手下都如此厉害，剑心深感对手的强大。于是，他去找名铸剑师新井赤空，没想到新井已经去世。新井同剑心的交情很深，并特意为剑心留下了一把名剑——逆刃刀真打，这也是他的遗作。随后，剑心在深山老林中找到了他的师傅比古清十郎。剑心锲而不舍的精神最终打动了比古清十郎。几经周折，并有几次出生入死的交手之后，剑心终于领悟到了飞天御剑流的奥义——天翔龙闪。比古清十郎希望剑心正式继承他的位置，但被婉拒，不过他知道剑心一定会将剑术的真正精神发扬光大。决战的时刻终于来临，阿操率领宫廷间谍前来支援。志志雄接受了部下的计策，只留下最高强的天剑宗次郎，盲剑宇水及安慈留守大本营，其他人去偷袭葵屋即阿薰他们的所在地。此时，剑心、斋藤一、佐之助三人踏上了通往地狱的道路。
剑心已猜测到志志雄的阴谋，于是让阿操、阿薰等人留下来守护葵屋。经过浴血奋战，志志雄派去攻打葵屋的“十本刀”军队几乎全军覆没，葵屋的众人也身受重伤，但此时敌人出现了援军，一个身型巨大的野人。众人无力应战，眼看性命不保。
危急时刻，一位高手飘然而至，只一招便击败了这个不可一世的巨人，解救了葵屋，他便是剑心的师傅比古清十郎。而在决斗场上，第一轮由佐之助迎战安慈。安慈其实就是教佐之助双重技击拳的那个和尚。因亲人被误杀而愤世嫉俗。这是一场师徒之战，佐之助将体力提升至极限，付出了沉重代价，最后击败安慈，并成功地化解了他对维新政府的误会。随后，剑心与苍紫，斋藤一与宇水也展开血战。宇水双目失明，靠感觉对方心跳，呼吸以及情绪变化来感觉对方的存在，这种法术称为心眼，斋藤一凭借其出神入化的剑术以及他一贯坚持“恶即斩”的信念，打败了宇水，但身上已是伤痕累累。
而苍紫经过多年苦练，练就了绝技“回天剑舞”，而且使用两把长剑互相配合，威力大增。剑心并不想伤害苍紫，尽管他将宫廷间谍前首领，阿操的养父翁伯打成重伤，但因为他误会了自己，而且也是阿操的情人。剑心也曾经答应过阿操要把一个恢复常性的苍紫带回去，他觉得苍紫只是被过度的欲望与愤怒所驱使而成为恶魔，其内心仍然有善良的一面。最后，剑心首次使出绝招天翔龙闪，使苍紫成为最强者的梦想又一次破灭。失败之后，苍紫静坐思过，最终决定了抛弃名利，重新做人。前进的道路危机四伏，剑心很快又遇见了天剑宗次郎。宗次郎自幼无亲无故，被一伙心有不轨的人当作奴隶收养，受尽折磨，最终只能整天以一副笑脸来面对他人，因为别人打他，骂他，他都只会笑，那么别人便会觉得没意思而停手。后来，他偶遇志志雄，志志雄认为反抗才是唯一出路，“强者才能生存，弱者只能死亡”。这句话从此成为宗次郎的人生格言，他拿起志志雄送给他的武士刀，第一次杀人了……
宗次郎得到志志雄的真传，而且只有喜怒哀乐中“喜”的表情，别人觉察不到他的感情变化，感觉不到他的“剑气”，因此行动神出鬼没，令剑心十分被动而身负重伤。但剑心仍坚持战斗，并极力劝服宗次郎：“剑是用来救人的，用来保护弱者的！”宗次郎不相信这位使用逆刃刀而且毫无杀人意念的人竟然有如此高超的剑术。最终，宗次郎被剑心的信念所感染，感情出现波动，剑心抓住机会，两人以绝招对决。凭借天翔龙闪的巨大破坏力，宗次郎手中的名剑菊一文字被斩断，宗次郎也重伤倒地。他对剑心说：“我会从此四处流浪，寻找真理，看看你和志志雄到底谁说得对！”临行前，他把看见的天翔龙闪的秘密告诉了志志雄，作为最后的特别礼物。斋
藤一凭借其出神大魔头志志雄在熊熊烈火中得到恶魔指引，领悟到最强剑术——秘剑，再加上他的刀是逆刃刀真打的兄弟刀，威力惊人。秘剑第一式--焰灵，就是利用沾在刀刃锯齿上的残余人类脂肪；当志志雄挥舞利剑时，脂肪与空气摩擦燃烧，于是利用剑与火同时攻击对方。第二式--红莲腕，是将火药粉藏在衣袖中，用迅雷不及掩耳之势抓住对手再用剑摩擦衣袖引爆火药，炸伤对方。这等怪异的招式，令剑心只有招架之功，再加上他经历连场恶战，身上多处负伤，终于不敌而倒地。
危急时刻，斋藤一突然出现，打了个志志雄一个措手不及。剑光闪处，志志雄头部被击中，偏偏他吸取了以前曾经头部被袭击的经验教训，戴了个铁护头而大难不死。随后，志志雄发起狠毒的反击，斋藤一重伤倒地。但紧接着，苍紫，佐之助挣扎着站起来，与志志雄拼命，他们拼死作战的精神激发起剑心的无穷斗志。
“我还不能死，我还有需要保护的人，我还要以剑救世，以剑活人。”
于是，不屈的剑心又站起来了，拼尽全部力气把飞天御剑流发挥极至，重创了志志雄。志志雄从废墟中站了起来，“你是第一个要我使出绝技的对手！”于是，两人以绝招对决，剑心倒下了，志志雄也倒下了，但他竟然还能站起来，果然是个恶魔！但是由于以前那场大火烧坏了他的汗腺，他失去了排汗功能，无法调节体温，当剧烈战斗超过十五分钟就有生命危险！
此时，曾经被志志雄解救，并以身相许的由美上前想阻止这场残酷的决斗，但志志雄已经像失控的野兽一般，他竟然趁由美挡住剑心视线的一刹那用利剑杀死心爱的由美并再次重创剑心。
志志雄一心要打败剑心，便突破自己的身体极限，体温高至连血液都蒸发了，最终全身自行燃烧而死，一代恶魔落得可耻的下场！志志雄刚死，他的手下便说，“这里已经布满炸药，要死大家一起死。”斋藤一马上命令佐之助抱着剑心逃离地狱，而自己作好了与志志雄的手下同归于尽的准备……(完)
